故事讲述在将“超能力开发”作为学校课程的学园都市里，人们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。主角上条当麻是一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。能够使用这种能力的右手，被称为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过著不幸的生活。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位自称自己的名字叫“茵蒂克丝”的修女，她说自己从魔法的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本究极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年，开启了一系列惊险故事的旅程……